او پس از اخذ دیپلم دبیرستان در سال ۱۳۴۵ در کنکور دانشگاه تهران پذیرفته می‌شود اما پدرش با تحصیل او در ایران مخالفت کرده او را روانه اتریش می‌کند تا او را از درگیری‌های سیاسی دانشگاه تهران به دور نگه دارد. در اتریش تحت تأثیر تفکرات مارکسیستی قرار می‌گیرد و تحصیل خود را در اتریش نیمه‌تمام گذاشته و به توصیه پدر در خرداد ۱۳۴۶ به انگلستان می‌رود.

بعد از طی دوره دوساله کالج او به پلی‌تکنیک شهر هادرزفیلد در شمال بریتانیا می‌رود و وارد رشته مهندسی شیمی می‌شود. او بعد از اتمام دوره کارشناسی وارد دوره کارشناسی ارشد و سپس دکترای مهندسی شیمی در دانشگاه برادفورد می‌شود. پس از آزادی در سال ۱۳۵۵، دستگاه امنیتی کشور مانع بازگشت او به انگلستان و ادامه دوره دکتری شد و او به ناچار در ایران مانده و به عنوان مربی در دانشکده فنی دانشگاه تهران استخدام می‌گردد. پس از انقلاب در سال ۱۳۶۳ برای ادامه تحصیل به انگلستان باز می‌گردد اما به جای ادامه تحصیل در رشته مهندسی شیمی به علوم انسانی روی می‌آورد. او در دانشکده صلح‌شناسی دانشگاه برادفورد فوق لیسانس و دکترای خود را می‌گیرد. موضوع تز دکترای او انقلاب اسلامی ایران و فلسفه سیاست غرب بوده‌است. زیباکلام در سال ۱۳۶۹ به ایران بازگشته و پس از دو سال وارد گروه علوم سیاسی دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران می‌شود.