دکتر محمد رضا اجتهادی تحصیلات لیسانس و فوق لیسانس خود را در دانشگاه تهران به اتمام رساند. وی سپس تحصیلات دکتری خود را در دانشگاه صنعتی شریف و بر روی ماده چگال نرم به انجام رساند. در طی دوره دکتری در دانشگاه صنعتی شریف درس کاربرد کامپیوتر در فیزیک را چند بار تدریس کرد و برای اولین بار در سال 1374 روش‌های شبیه‌سازی در فیزیک را در قالب این درس تدریس نمود.
فعالیت علمی وی در گرایش ماده‌چگال نرم است. ماده‌ چگال نرم یکی از شاخه‌های فیزیک است که بامسائل زیستی مرتبط است.
گروه علمی دکتر اجتهادی در زمینهٔ پیچش پروتئین، مدل‌های کشسان DNA، هیدرودینامیک مزو مقیاس و مایع بلوری فعالیت انجام می‌دهد.