00:00 / 00:00
1.8x
1.4x
1.0x
0.7x
HD SD
HD
SD
00:00 / 00:00
1.8x
1.4x
1.0x
0.7x
HD SD
HD
SD

مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک (تحلیل داده‌های زیستی)

دوره‌های دانشگاهی
24 جلسه

سرفصل‌ها

با پیشرفت دانش و تجهیزات در علوم زیست‌شناسی به ویژه علوم سلولی و مولکولی با افزایش حجم عظیم داده‌های استخراج شده از سلول‌ها و به تبع آن موجودات مواجه هستیم. افزایش این حجم از داده‌ها و به سبب آن نیاز به ذخیره، بازیابی و تحیل مناسب این داده‌ها، موجب پیدایش علم بیوانفورماتیک گردید. این دانش نوظهور، به عنوان یک دانش بین رشته‌ای، تلاش می‌کند تا با استفاده از تکنیک‌های موجود در علوم کامپیوتر، ریاضیات، شیمی، فیزیک و علوم مرتبط دیگر، مسایل مختلف زیست‌شناختی را که معمولاً در سطح مولکولی هستند حل کند. تلاش‌های پژوهشی اصلی در این رشته عبارتند از: تطابق توالی، کشف ژن، گردآوری ژنوم، تنظیم ساختار پروتئینی، پیش‌بینی ساختارهای دوم و سوم پروتئین، پیش‌بینی بیان ژن و تعاملات پروتئین- پروتئین و مدلسازی تکامل.
درس پیش‌ رو آموزش آمار و معرفی و استفاده از پایگاه‌های داده‌ با هدف تحلیل و استنتاج داد‌های زیستی برای دانشجویان دوره دکتری رشته زیست‌شناسی سلولی-تکوینی دانشگاه علم و فرهنگ بوده که در پژوهشگاه رویان جهاد دانشگاهی تدوین و تدریس شده است. این دوره شامل سه بخش: آمار، ابزار‌ها و پایگاه‌های داده و بخش سوم آموزش برنامه‌نویسی به زبان آماری R می‌باشد. زبان R برای انجام تحلیلهای آماری، رسم نمودارها و استنتاج پیام داده های زیستی بی نظیر است چرا که علاوه بر رایگان و در دسترس بودن، دارای بیش از ۸۰۰ بسته برای انجام تحلیلهای مختلف بیوانفورماتیک است.
هر جلسه درس شامل دو بخش نظری (مباحث آماری و الگوریتمی) و عملی (برنامه نویسی R و آشنایی با داده پایگاه های بیوانفورماتیک) می باشد که به طورر جداگانه از طریق لینکهای پایین صفحه در اختیار شما قرار گرفته اند. به منظور ارائه کیفیت مناسب تصویری، بخش‌های عملی مستقیماً از دسکتاپ کامپیوتر مدرس ضبط گردیده است.
در طول بخشهای عملی درس چند فایل داده ورودی به عنوان نمونه مورد استفاده قرار میگیرد. شما می توانید با فشردن دکمه «جزوه» از جلسه اول درس، این فایلها را به صورت فشرده شده (Zip) دانلود و استفاده کنید.
در طول استفاده از این دوره آموزشی می‌توانید پیشنهادات، انتقادات و سؤالات خود را با آدرس rbioinf@gmail.com یا rscle@royaninstitute.org با ما در میان بگذارید.
این درس به همت پژوهشگاه رویان ضبط شده است.

مدرس دوره
علی شریفی زارچی

علی شریفی زارچی دانش‌آموخته کارشناسی و کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر از دانشگاه صنعتی شریف و دکتری بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران است.

وی دوره‌های پژوهشی و پسادکتری را در Max Planck Institute آلمان و Colorado State University آمریکا پشت سر گذاشته‌است.

او از سال ۱۳۹۰ تاکنون به عنوان پژوهشگر بیوانفورماتیک در پژوهشگاه رویان‌ و هم‌چنین از سال ۱۳۹۵ به عنوان عضو هیات علمی دانشکده‌ی مهندسی کامپیوتر دانشگاه صنعتی شریف مشغول به کار است.

زمینه‌های تحقیقاتی مورد علاقه ایشان به کارگیری الگوریتم و هوش مصنوعی در بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیست‌پزشکی است.

سوالات پرتکرار

آیا امکان دریافت فیلم های یک درس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود دارد؟
در حال حاضر امکان ارسال دروس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود ندارد.
اگر لینک دانلود یا پخش ویدئو مشکل داشت چه باید کرد؟
در صورتی که با هر گونه مشکلی رو به رو شدید می توانید از طریق صفحه ارتباط با ما به ما اطلاع دهید تا ما سریعا مشکل را پیگیری و برطرف نماییم.
آیا درسی وجود دارد که ضبط شده اما روی سایت قرار نگرفته باشد؟
تمام دروس بعد از ضبط و آماده شدن بر روی سایت قرار می گیرند.
اگر بخواهیم درسی برای مکتب خونه ارسال کنیم چه روندی باید طی کنیم؟
اگر خودتان درسی تهیه کرده اید به صفحه همکاری با ما بروید تا آن را بررسی کنیم و بهتون اطلاع دهیم.
آیا ممکن است که درسی ناقص ضبط شده باشد؟
ما همواره تلاش کرده­‌ایم که دروس را به طور کامل ضبط نماییم و در اختیار شما دوستان قرار دهیم. اما گاهی برخی ناهماهنگی ها سبب می شود که یک یا تعدادی از جلسات یک درس ضبط نشود. توضیح این گونه نواقص در توضیح درس­ ها آمده است.
فیلم های آموزشی
14:13 ساعت
14:13
Combined Shape Created with Sketch. 24 جلسه
جلسه ١ بخش نظری - مقدمات آمار، میانگین، واریانس، انحراف معیار، میانه، چارک‌ها
"38:02
جلسه ١ بخش عملی - مشاهده ژنوم در UCSC Genome Browser، نصب R و RStudio، مقدمات R
"43:06
جلسه ٢ بخش نظری - آزمون‌فرض آماری، Student t-test، معنی p-value
"22:09
جلسه ٢ بخش عملی - داده‌پایگاه برهم‌کنش ژنی و پروتئینی String-db، تحلیل اولیه‌ی داده‌های بیان ژن، رسم Heatmap
"89:31
جلسه ٣ بخش نظری - مقیاس Log2 برای تحلیل بیان ژن‌ها، Log-fold change، تحلیل تفاوت بیان ژن‌ها
"32:51
جلسه ٣ بخش عملی - داده‌‌پایگاه Coremine: ارتباط عناصر زیستی طبق مقالات، آزمون t روی داده‌های بیان ژن
"54:58
جلسه ٤ بخش نظری - خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی (Hierarchical Clustering)، فاصله‌ی اقلیدسی محورها
"26:30
جلسه ٤ بخش عملی - کتابخانه‌ی ggplot2 برای ساخت نمودارهای بیوانفورماتیک، رسم نمودار میله‌ای بیان ژن
"50:11
جلسه ٥ بخش نظری - ضریب همبستگی Pearson
"30:55
جلسه ٥ بخش عملی - محاسبه‌ی ضریب همبستگی Pearson، رسم trendline
"33:23
جلسه ٦ بخش نظری - تطابق رشته‌های DNA یا پروتئین، الگوریتم‌های برنامه‌سازی پویا (Dynamic Programming)
"33:12
جلسه ٦ بخش عملی - کتابخانه‌ Reshape2، نمودار جعبه‌ای (Box-plot)، نمودار ویولن (Violin-plot)
"24:43
جلسه ٧ بخش نظری - ضریب همبستگی ناپارامتری Spearman Correlation Coefficient
"13:29
جلسه ٧ بخش عملی - تحلیل هم‌زمان چند ژن با استفاده از apply، sapply و محاسبه ضریب Spearman
"58:35
جلسه ٨ بخش نظری - خطای استاندارد (Standard Error)
"36:28
جلسه ٨ بخش عملی - نوشتن تابع در R
"24:10
جلسه ٩ بخش نظری - (Principal Components Analysis (PCA
"14:22
جلسه ٩ بخش عملی - رسم نمودار PCA روی داده‌های بیان ژن
"39:25
جلسه ١٠ بخش نظری - آزمون‌ آماری ANOVA
"29:31
جلسه ١٠ بخش عملی - محاسبه‌‌ی ANOVA
"41:08
جلسه ١١ بخش نظری - آزمون فیشر Fisher-test
"20:41
جلسه ١١ بخش عملی - نمودار همبستگی بیان، تحلیل کیفیت آزمایش بر اساس فاصله‌ی بین تکرارها
"23:18
جلسه ١٢ بخش نظری - آزمون‌های ناپارامتری نظیر Wilcoxon
"26:56
جلسه ١٢ بخش عملی - پروژه Fantom، آزمون نرمال‌بودن داده‌هاَ، انجام آزمون‌های ناپارامتری
"45:25