آموزش داکینگ مولکولی با AutoDock Vina | رویکرد بالینی و پروژه محور

در این دوره جامع و ۱۰۰٪ پروژه محور، ما از تئوری‌های بالینی فراتر رفته و وارد آزمایشگاه دیجیتال می‌شویم. شما یاد می‌گیرید که چگونه فرضیه‌های طراحی دارو را به کمک یکی از قدرتمندترین ابزارهای بیوانفورماتیک، یعنی AutoDock Vina، به صورت عملی شبیه‌سازی، تحلیل و ارزیابی کنید.

این دوره یک مجموعه ویدیوی آموزشی صرف نیست؛ بلکه یک نقشه راه کامل برای اجرای یک پروژه تحقیقاتی واقعی از صفر تا صد است. ما با هم یک پروژه عملی را تعریف کرده (داکینگ داروی Praziquantel به پروتئین هدف 1GTA)، تمام چالش‌های مسیر از آماده‌سازی مولکول‌ها تا اجرای دستورات در کامند لاین و در نهایت، خلق دیاگرام‌های حرفه‌ای و قابل انتشار را قدم به قدم حل می‌کنیم.

این دوره، دقیقاً همان قدم بعدی سفر شماست تا با یادگیری تکنیک‌های پیشرفته داکینگ، بتوانید ارتباط بین مولکول‌ها و اهداف زیستی را کشف کرده و تحقیقات خود را به سطح حرفه‌ای‌تری ببرید.

آماده‌اید که دانش خود را به عمل تبدیل کنید و در دنیای بیوانفورماتیک و داروشناسی پیشرو و ماهر شوید؟ همراه ما باشید!

این دوره برای چه کسانی طراحی شده است؟

این دوره برای تمام دانشجویان، محققان و علاقه‌مندان به حوزه‌های زیر که می‌خواهند از سطح تئوری فراتر رفته و مهارت‌های عملی و محاسباتی کسب کنند، ضروری است:

دانشجویان داروسازی، بیوتکنولوژی و زیست‌شناسی که به دنبال درک مکانیسم عمل داروها هستند.
پژوهشگران حوزه طراحی دارو و شیمی دارویی که نیاز به ابزاری برای غربالگری ترکیبات دارند.
متخصصان بیوانفورماتیک و شیمی محاسباتی که می‌خواهند بر ابزارهای استاندارد صنعتی مسلط شوند.
شرکت‌کنندگان دوره “دراگ ریپورپوزینگ بالینی” که آماده‌اند فرضیه‌های خود را به مرحله بعدی، یعنی اعتبارسنجی محاسباتی، برسانند.
 

سفر شما در این دوره چگونه خواهد بود؟

ما این مسیر پیچیده را به ۵ بخش شفاف و منطقی تقسیم کرده‌ایم:

 

بخش اول: هر آنچه برای یک پروژه موفق باید بدانید

قبل از روشن کردن موتور، نقشه راه را بررسی می‌کنیم. با استراتژی‌های کلیدی طراحی دارو (ساختارمحور و لیگاندمحور) و جعبه ابزار یک طراح دارو، از پایگاه‌های داده PDB و PubChem گرفته تا ابزارهای نوین مدلسازی مانند AlphaFold، آشنا می‌شویم.

 

بخش دوم: راه‌اندازی آزمایشگاه دیجیتال

یکی از بزرگترین موانع را با هم از سر راه برمی‌داریم: نصب و راه‌اندازی تمام نرم‌افزارهای ضروری. از AutoDock Vina و MGLTools گرفته تا Discovery Studio و LigPlot+، شما یک آزمایشگاه کامل و آماده به کار خواهید داشت.

 

بخش سوم: داکینگ مولکولی در عمل (قلب تپنده دوره)

اینجا آستین‌ها را بالا می‌زنیم!

به صورت گام به گام و در یک پروژه واقعی: لیگاند و پروتئین را دانلود و آماده‌سازی می‌کنیم.
رازهای فنی را فاش می‌کنیم: چرا باید فرمت‌ها را به PDBqt تبدیل کنیم؟ تفاوت بارهای Gasteiger و Kollman چیست؟ چرا اسپیسینگ گرید باکس در Vina باید 1.0Å باشد، نه 0.375Å که در مقالات قدیمی می‌بینید؟
فایل کانفیگ را می‌نویسیم، فرمان نهایی را در CMD اجرا می‌کنیم و نتایج خام را به دست می‌آوریم.
در نهایت، یاد می‌گیریم چگونه نتایج را اسپلیت کرده و بهترین حالت اتصال را برای تحلیل‌های بعدی استخراج کنیم.

 

بخش چهارم: آماده‌سازی برای پرده آخر

یک مرحله کوتاه اما حیاتی که اغلب نادیده گرفته می‌شود. یاد می‌گیریم چگونه پروتئین و بهترین حالت لیگاند را در Discovery Studio به هم بچسبانیم و یک فایل کمپلکس واحد بسازیم که کلید ورود ما به نرم‌افزارهای تحلیلی است.

 

بخش پنجم: هنر تحلیل داکینگ و داستان‌پردازی علمی در پرده آخر، ما به یک هنرمند علمی تبدیل می‌شویم. با استفاده از LigPlot+، نرم‌افزار استاندارد طلایی در مقالات، نتایج پیچیده خود را به دیاگرام‌های دوبعدی واضح و زیبا تبدیل می‌کنیم. یاد می‌گیریم که چگونه پیوندهای هیدروژنی و برهم‌کنش‌های آبگریز را شناسایی کرده و داستان برهم‌کنش مولکولی خود را به شکلی حرفه‌ای و قابل دفاع روایت کنیم.

 
با گذراندن این دوره، شما قادر خواهید بود:
یک پروژه کامل داکینگ مولکولی را از ایده تا تحلیل نهایی مدیریت کنید.
بر مجموعه نرم‌افزارهای کلیدی حوزه طراحی دارو مسلط شوید.
خطاهای رایج در فرآیند داکینگ را شناسایی و رفع کنید.
نتایج شبیه‌سازی را به صورت علمی و معتبر تفسیر نمایید.
خروجی‌های استاندارد و باکیفیت برای ارائه در مقالات، پوسترها و پایان‌نامه تولید کنید.

آیا آماده‌اید تا مهارت‌های محاسباتی خود را به سطح بعدی ببرید و ایده‌های خود را به نتایج ملموس تبدیل کنید؟ همین حالا در این سفر علمی و عملی ثبت‌نام کنید!