آموزش داکینگ مولکولی با AutoDock Vina | رویکرد بالینی و پروژه محور
در این دوره جامع و ۱۰۰٪ پروژه محور، ما از تئوری‌های بالینی فراتر رفته و وارد آزمایشگاه دیجیتال می‌شویم. شما یاد می‌گیرید که چگونه فرضیه‌های طراحی دارو را به کمک یکی از قدرتمندترین ابزارهای بیوانفورماتیک، ... بیشتر
حسین نوراللهی
به‌روزرسانی: ۱۴۰۴/۰۵/۱۴
آنچه در این دوره می‌آموزید
آماده‌سازی حرفه‌ای رسپتور و لیگاند
تنظیم دقیق گرید باکس (Grid Box) و حل معمای اسپیسینگ
اجرای شبیه‌سازی از طریق کامند لاین (CMD)
آنالیز و استخراج نتایج اولیه (Post-Docking Analysis)
ایجاد کمپلکس پروتئین-لیگاند برای تحلیل نهایی (Protein-Ligand Complex)
مصورسازی و تفسیر حرفه‌ای برهمکنش‌ها
محتوای دوره
پیش‌نیاز‌ها
دوره «دراگ ریپورپوزینگ بالینی» دروازه ورود شما به دنیای هوشمندانه کشف دارو است. در این دوره، شما می‌آموزید که چگونه فراتر از کاربردهای اولیه داروها فکر کنید و با استفاده از شواهد بالینی، داده‌های بیوانفورماتیکی و تحلیل هوشمندانه، پتانسیل‌های درمانی جدیدی را برای داروهای موجود کشف نمایید.
این دوره به شما کمک می‌کند تا فرضیه‌های علمی قدرتمندی بسازید که چرا یک داروی شناخته‌شده می‌تواند برای یک بیماری جدید مؤثر باشد. در واقع، این دوره شالوده و نقطه شروعی است که شما را برای اعتبارسنجی محاسباتی این فرضیه‌ها در دوره پیشرفته‌تر «داکینگ مولکولی» آماده می‌سازد.
درباره دوره
در این دوره جامع و ۱۰۰٪ پروژه محور، ما از تئوری‌های بالینی فراتر رفته و وارد آزمایشگاه دیجیتال می‌شویم. شما یاد می‌گیرید که چگونه فرضیه‌های طراحی دارو را به کمک یکی از قدرتمندترین ابزارهای بیوانفورماتیک، یعنی AutoDock Vina، به صورت عملی شبیه‌سازی، تحلیل و ارزیابی کنید.
این دوره یک مجموعه ویدیوی آموزشی صرف نیست؛ بلکه یک نقشه راه کامل برای اجرای یک پروژه تحقیقاتی واقعی از صفر تا صد است. ما با هم یک پروژه عملی را تعریف کرده (داکینگ داروی Praziquantel به پروتئین هدف 1GTA)، تمام چالش‌های مسیر از آماده‌سازی مولکول‌ها تا اجرای دستورات در کامند لاین و در نهایت، خلق دیاگرام‌های حرفه‌ای و قابل انتشار را قدم به قدم حل می‌کنیم.
این دوره، دقیقاً همان قدم بعدی سفر شماست تا با یادگیری تکنیک‌های پیشرفته داکینگ، بتوانید ارتباط بین مولکول‌ها و اهداف زیستی را کشف کرده و تحقیقات خود را به سطح حرفه‌ای‌تری ببرید.
آماده‌اید که دانش خود را به عمل تبدیل کنید و در دنیای بیوانفورماتیک و داروشناسی پیشرو و ماهر شوید؟ همراه ما باشید!
این دوره برای چه کسانی طراحی شده است؟
این دوره برای تمام دانشجویان، محققان و علاقه‌مندان به حوزه‌های زیر که می‌خواهند از سطح تئوری فراتر رفته و مهارت‌های عملی و محاسباتی کسب کنند، ضروری است:
دانشجویان داروسازی، بیوتکنولوژی و زیست‌شناسی که به دنبال درک مکانیسم عمل داروها هستند.
پژوهشگران حوزه طراحی دارو و شیمی دارویی که نیاز به ابزاری برای غربالگری ترکیبات دارند.
متخصصان بیوانفورماتیک و شیمی محاسباتی که می‌خواهند بر ابزارهای استاندارد صنعتی مسلط شوند.
شرکت‌کنندگان دوره “دراگ ریپورپوزینگ بالینی” که آماده‌اند فرضیه‌های خود را به مرحله بعدی، یعنی اعتبارسنجی محاسباتی، برسانند.
سفر شما در این دوره چگونه خواهد بود؟
ما این مسیر پیچیده را به ۵ بخش شفاف و منطقی تقسیم کرده‌ایم:
بخش اول: هر آنچه برای یک پروژه موفق باید بدانید
قبل از روشن کردن موتور، نقشه راه را بررسی می‌کنیم. با استراتژی‌های کلیدی طراحی دارو (ساختارمحور و لیگاندمحور) و جعبه ابزار یک طراح دارو، از پایگاه‌های داده PDB و PubChem گرفته تا ابزارهای نوین مدلسازی مانند AlphaFold، آشنا می‌شویم.
بخش دوم: راه‌اندازی آزمایشگاه دیجیتال
یکی از بزرگترین موانع را با هم از سر راه برمی‌داریم: نصب و راه‌اندازی تمام نرم‌افزارهای ضروری. از AutoDock Vina و MGLTools گرفته تا Discovery Studio و LigPlot+، شما یک آزمایشگاه کامل و آماده به کار خواهید داشت.
بخش سوم: داکینگ مولکولی در عمل (قلب تپنده دوره)
اینجا آستین‌ها را بالا می‌زنیم!
به صورت گام به گام و در یک پروژه واقعی: لیگاند و پروتئین را دانلود و آماده‌سازی می‌کنیم.
رازهای فنی را فاش می‌کنیم: چرا باید فرمت‌ها را به PDBqt تبدیل کنیم؟ تفاوت بارهای Gasteiger و Kollman چیست؟ چرا اسپیسینگ گرید باکس در Vina باید 1.0Å باشد، نه 0.375Å که در مقالات قدیمی می‌بینید؟
فایل کانفیگ را می‌نویسیم، فرمان نهایی را در CMD اجرا می‌کنیم و نتایج خام را به دست می‌آوریم.
در نهایت، یاد می‌گیریم چگونه نتایج را اسپلیت کرده و بهترین حالت اتصال را برای تحلیل‌های بعدی استخراج کنیم.
بخش چهارم: آماده‌سازی برای پرده آخر
یک مرحله کوتاه اما حیاتی که اغلب نادیده گرفته می‌شود. یاد می‌گیریم چگونه پروتئین و بهترین حالت لیگاند را در Discovery Studio به هم بچسبانیم و یک فایل کمپلکس واحد بسازیم که کلید ورود ما به نرم‌افزارهای تحلیلی است.
بخش پنجم: هنر تحلیل داکینگ و داستان‌پردازی علمی در پرده آخر، ما به یک هنرمند علمی تبدیل می‌شویم. با استفاده از LigPlot+، نرم‌افزار استاندارد طلایی در مقالات، نتایج پیچیده خود را به دیاگرام‌های دوبعدی واضح و زیبا تبدیل می‌کنیم. یاد می‌گیریم که چگونه پیوندهای هیدروژنی و برهم‌کنش‌های آبگریز را شناسایی کرده و داستان برهم‌کنش مولکولی خود را به شکلی حرفه‌ای و قابل دفاع روایت کنیم.
با گذراندن این دوره، شما قادر خواهید بود:
یک پروژه کامل داکینگ مولکولی را از ایده تا تحلیل نهایی مدیریت کنید.
بر مجموعه نرم‌افزارهای کلیدی حوزه طراحی دارو مسلط شوید.
خطاهای رایج در فرآیند داکینگ را شناسایی و رفع کنید.
نتایج شبیه‌سازی را به صورت علمی و معتبر تفسیر نمایید.
خروجی‌های استاندارد و باکیفیت برای ارائه در مقالات، پوسترها و پایان‌نامه تولید کنید.
آیا آماده‌اید تا مهارت‌های محاسباتی خود را به سطح بعدی ببرید و ایده‌های خود را به نتایج ملموس تبدیل کنید؟ همین حالا در این سفر علمی و عملی ثبت‌نام کنید!
اطلاعات بیشتر
درباره استاد
دکتر حسین نوراللهی، چهره‌ای برجسته و چندوجهی در جامعه علمی ایران، به‌عنوان مدرس دانشگاه، پژوهشگر پیشرو و کارآفرین آموزشی شناخته می‌شود. ایشان با تلفیق دانش عمیق آکادمیک و مهارت‌های فنی پیشرفته، در مرز میان علوم زیستی و فناوری‌های نوین فعالیت کرده و رسالت خود را در دسترس‌پذیر کردن علم برای همگان تعریف کرده است.
بنیان علمی و آکادمیک:
ایشان دارای دکترای تخصصی ژنتیک مولکولی، عضو باشگاه پژوهشگران و نخبگان جوان و دارنده عنوان استعداد درخشان هستند. سوابق تحصیلی و پژوهشی درخشان ایشان با افتخاراتی نظیر کسب عنوان پایان‌نامه برتر تکمیل می‌شود که نشان‌دهنده دقت، عمق و نوآوری در فعالیت‌های تحقیقاتی ایشان است.
حوزه‌های تخصصی و مهارت‌ها:
دکتر نوراللهی یک متخصص بین‌رشته‌ای با تسلط بر حوزه‌های متنوع و استراتژیک است. با بیش از ۹ سال تجربه متمرکز در حوزه بیوانفورماتیک، ایشان مهارت‌های خود را در زمینه‌های زیر گسترش داده‌اند:
زیست‌شناسی مولکولی و ژنتیک: درک عمیق از مبانی سلولی و مولکولی حیات. بیوانفورماتیک و زیست‌محاسباتی: تحلیل داده‌های بیولوژیکی در مقیاس بزرگ (Big Data). هوش مصنوعی و برنامه‌نویسی: به کارگیری الگوریتم‌های AI و Machine Learning برای حل مسائل پیچیده زیستی. طراحی دارو (Drug Design): استفاده از رویکردهای محاسباتی برای کشف و توسعه داروهای نوین. علوم اومیکس (Omics): تسلط بر تحلیل داده‌های ژنومیکس، پروتئومیکس و سایر حوزه‌های اومیکس.تدریس، آموزش و ترویج علم:
فراتر از فضای آکادمیک، دکتر نوراللهی یک رسالت شخصی برای عمومی‌سازی علم دارد. ایشان بنیان‌گذار کانال آموزشی “زیسلند” هستند که با هدف “شکستن دیوارهای مفاهیم پیچیده و ارائه علم به زبانی ساده، تحلیلی و جذاب” ایجاد شده است. ایشان به‌عنوان مدرس دوره‌های پیشرفته و تخصصی در زمینه‌های هوش مصنوعی، طراحی دارو و بیوانفورماتیک، نقشه راه یادگیری روشنی را برای دانشجویان و علاقه‌مندان ترسیم می‌کنند. سابقه تدریس موفق در دانشگاه و برگزاری کارگاه‌های متعدد، ایشان را به یک مدرس و مربی تأثیرگذار تبدیل کرده است.
دستاوردها و انتشارات:
تعهد ایشان به جامعه علمی در قالب دستاوردهای ملموس نیز متجلی شده است:
سخنرانی برتر در اولین کنگره بین‌المللی ژنتیک ایران. ترجمه و چاپ کتاب مرجع “سرطان‌شناسی در یک نگاه” که نشان‌دهنده تسلط ایشان بر مفاهیم پیچیده و مهارت بالایشان در ترجمه متون تخصصی است. در حال اتمام ترجمه دو کتاب تخصصی دیگر، که تداوم فعالیت ایشان در این عرصه را نشان می‌دهد. اجرای موفقیت‌آمیز پروژه‌های متعدد پژوهشی و کاربردی.ویژگی‌های حرفه‌ای و شخصیتی:
موفقیت‌های دکتر نوراللهی ریشه در ویژگی‌های برجسته حرفه‌ای و شخصیتی ایشان دارد:
تعهد و مسئولیت‌پذیری: تعهد بالا به انجام کارها با نهایت دقت و بالاترین کیفیت. نوآوری و حل مسئله: ذهنی خلاق و خوش‌فکر با ممارست بالا در یافتن راه‌حل‌های نوآورانه برای چالش‌های پیچیده. مهارت‌های ارتباطی و رهبری: دارای روحیه کار تیمی قوی، توانایی رهبری، انعطاف‌پذیری و سازگاری بالا. شخصیت الهام‌بخش: به‌عنوان یک مشاور و راهنمای دلسوز، با صبر و حوصله، مسیر رشد را برای دانشجویان و همکاران خود هموار می‌سازد.چکیده:
در یک کلام، دکتر حسین نوراللهی ترکیبی از یک پژوهشگر دقیق، یک مدرس الهام‌بخش، و یک ارتباط‌گر علمی توانا است که با اشتیاق و تخصص، دانش پیشرفته را از آزمایشگاه و مقالات به کلاس درس و فضای عمومی منتقل می‌کند و نقشی کلیدی در پرورش نسل آینده دانشمندان و فناوران ایران ایفا می‌نماید.
اطلاعات بیشتر