آموزش آنالیز RNAseq با سرور Galaxy

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های ... ادامه

برگزارکننده:  مکتب‌خونه  مکتب‌خونه
3.8 (5 رای)
سطح: مقدماتی
 پلاس
  
زمان مورد نیاز برای گذارندن دوره:  4 ساعت
مجموع محتوای آموزشی:  4 ساعت ویدئو
 (قابل دانلود می‌باشد)
course-feature   زیرنویس فارسی

آنچه در این دوره می‌آموزیم:

 آشنایی با تکنولوژی RNAseq و تمامی مفاهیم اولیه و کاربردی در این حوزه

 انتقال دیتای خام RNAseq از دیتابیس GEO به سرور گلکسی

 کنترل کیفیت و حذف خوانش های کم کیفیت

 مپینگ خوانش‌ها به ژنوم مرجع

 ایجاد فایل Counts

 آنالیز افتراقی بیان ژن

 نحوه انجام Functional enrichment analysis و Protein-protein-interaction enrichment analysis

 ترسیم نمودارهای Heatmap و Volcano plot

سرفصل‌های دوره آموزش آنالیز RNAseq با سرور Galaxy

مفاهیم کاربردی اولیه
  درباره‌ی دوره
"02:18  
  هدف ما از آنالیز داده‌های RNAseq
"02:16  
  مرحله‌ی آماده سازی library
"03:24  
  تکنولوژی های توالی یابی Single-end و Paired-end
"06:45  
  مفاهیم Coverage و Sequencing depth
"01:54  
  مراحل (Pipeline) آنالیز داده‌های RNAseq
"13:16  
انتقال دیتای خام به سرور Galaxy
  جستجوی دیتاست در دیتابیس GEO
"12:41  
  انتقال دیتا به سرور Galaxy
"07:50  
کنترل کیفیت
  کنترل کیفیت
"08:49  
  تفسیر نتایج کنترل کیفیت (قسمت اول)
"10:54  
  تفسیر نتایج کنترل کیفیت (قسمت دوم)
"07:51  
  گردآوری نتایج کنترل کیفیت
"04:17  
  حذف خوانش های کم کیفیت
"06:42  
مپینگ
  مپینگ داده ها به ژنوم مرجع
"14:39  
  آشنایی با فایل BAM و نحوه ی نمایش آن در IGV
"12:27  
Counting
  آشنایی با مفهوم Strandness
"06:24  
  روش‌های تشخیص Strandness
"10:15  
  نحوه‌ی تخصیص خوانش ها به ژن‌ها
"09:45  
  تغییر فرمت فایل های counts نرم افزار STAR برای استفاده در آنالیز افتراقی بیان ژن
"03:35  
آنالیز داده های Paired-end
  آنالیز داده های Paired-end (قسمت اول)
"10:00  
  آنالیز داده های Paired-end (قسمت دوم)
"08:10  
  آنالیز داده‌های Paired-end (قسمت سوم)
"09:16  
آنالیز افتراقی بیان ژن
  معرفی انواع روش های نرمالیزیشن داده‌های RNAseq
"08:04  
  آنالیز افتراقی بیان ژن
"05:45  
  تفسیر PCA و هیت مپ سمپل‌ها
"08:14  
  مفاهیم P-value و adj-P-value
"09:47  
  آشنایی با مفهوم logFC
"04:16  
  annotation و استخراج DEGها
"07:49  
Visualization و Functional enrichment analysis
  رسم Heatmap برای سیگنیفیکنت ترین DEGها
"11:22  
  انجام Gene Ontology enrichment analysis و Pathway enrichment analysis
"03:42  
  انجام Protein-Protein-interaction enrichment analysis
"08:32  
  رسم Volcano plot
"06:16  
  جزوه دوره
"00:03  
  اسلاید‌های دوره
"00:03  
  پروژه
"00:05  

ویژگی‌های دوره

زیرنویس فارسی
زیرنویس فارسی

این دوره دارای زیرنویس اختصاصی است.

درباره دوره

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های آکادمیک و تحقیقاتی در حوزهٔ بیولوژی و تقویت رزومه در راستای آن‌ها، علاوه بر تسلط بر تکنیک‌های آزمایشگاهی و درک مفاهیم بنیادین، مستلزم تسلط بر روش‌های بیوانفورماتیکی که از جملهٔ آن‌ها آنالیز داده‌های RNAseq است، می‌باشد.

 کاربردهای RNAseq

 در حال حاضر آنالیز داده‌های RNA sequencing یکی از کارآمدترین و پرکاربردترین روش‌های مطالعهٔ جامع پدیده‌های زیستی است. این آنالیز امکان مقایسهٔ پروفایل بیان ژنی بین سمپل‌های مختلف زیستی را فراهم می‌کند و به این وسیله محققان حوزهٔ زیست‌شناسی را به یافتن الگوهای تغییر بیان ژن‌ها و مسیرهای درون‌سلولی در اثر تغییر شرایط محیطی یا بیماری‌ها و در پی آن به درمان بیماری‌ها قادر می‌سازد. همچنین یافتن بیومارکرهای جدید برای بیماری‌ها از دیگر کاربردهای RNAseq می‌باشد.

 مزیت این دوره بر سایر دوره‌های آنالیز داده‌های RNAseq

 آنالیز داده‌های خام RNAseq نیازمند داشتن دسترسی به سیستم‌های محاسباتی قدرتمند (سرور و یا لپ‌تاپ قدرتمند)، کدنویسی با لینوکس ونرم افزار R یا پایتون می‌باشد. اما استفاده از سرور قدرتمند نیازمند پرداخت هزینه است و دسترسی به آن همیشه مقدور نیست و همچنین زیست‌شناسان معمولاً امکان صرف وقت کمتری برای یادگیری کدنویسی دارند؛ بنابراین در این آموزش ما برای این کار از سرور گلکسی استفاده می‌کنیم که به‌صورت free سیستم محاسباتی باقدرت بالا را در اختیار عموم قرار می‌دهد و توسط رابط کاربری که ایجاد می‌کند امکان آنالیز RNAseq بدون کدنویسی را برای زیست‌شناسان فراهم می‌کند.

 مخاطبین این دوره چه کسانی می‌باشند؟

 یادگیری آنالیز RNAseq دری از مطالعات بیان ژن را به روی محققان تمامی گرایش‌های زیست‌شناسی (سلولی و مولکولی، ژنتیک، میکروبیولوژی، ایمنی‌شناسی، بیوشیمی، علوم جانوری و گیاهی، فیزیولوژی، انگل‌شناسی و...) می‌گشاید و آن‌ها را به نوشتن مقالات علمی در این زمینه و تقویت رزومه ی بین‌المللی قادر می‌سازد

درباره استاد

maktabkhooneh-teacher مریم السادات مومنی

مریم السادات مؤمنی فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی میکروبی از دانشگاه اصفهان است و ایشان هشت سال سابقهٔ فعالیت تحقیقاتی در زمینه‌ بیوانفورماتیک دارند. وی تجربه کارآموزی‌های بیوانفورماتیک شرکت STEM-Away کالیفرنیا در شاخهٔ آنالیز ترنسکریپتوم و رهبری یک پروژهٔ بیوانفورماتیکی در این شرکت و همکاری در پروژه‌های بیوانفورماتیکی مراکز تحقیقاتی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان را دارد.

مشاهده پروفایل و دوره‌‌های استاد

نظرات کاربران

تا کنون نظری برای این دوره ثبت نشده است. برای ثبت نظر باید ابتدا در دوره ثبت نام کرده و دانشجوی دوره باشید.
سعیده صالحی 1402-09-09
با سلام بنده این دوره ارزشمند رو خریداری کردم، بسیار ممنون از مدرس که به صورت کاملا جزئی، دقیق، گام به گام و علمی همه نکات لازم رو طی آموزش بیان کردند. امیدوارم به زودی شاهد آموزش های دیگری از این قبیل از مدرس محترم باشیم. خدمت دوستانی که با دیتاهای حجیم و خام NGS کار میکنند مشاهد دوره رو موکدا توصیه میکنم. با تشکر مجدد از مدرس محترم و مکتب خونه 🌹🌹

دوره‌های پیشنهادی

سوالات پرتکرار

پس از سپری شدن زمان دوره، به محتوای دوره دسترسی خواهم داشت؟
بله؛ پس از سپری شدن مدت زمان دوره شما به محتوای دوره دسترسی خواهید داشت و می توانید از ویدئوها، تمارین، پروژه و دیگر محتوای دوره در صورت وجود استفاده کنید ولی امکان تصحیح تمارین توسط پشتیبان و دریافت گواهی نامه برای شما وجود نخواهد داشت.
poster
  
برگزار کننده:  مکتب‌خونه
  
زمان مورد نیاز برای گذارندن دوره:  4 ساعت
مجموع محتوای آموزشی:  4 ساعت ویدئو
 (قابل دانلود می‌باشد)
course-feature   زیرنویس فارسی