×
ribbon

آموزش آنالیز RNAseq با سرور Galaxy

مدرس:

مریم السادات مومنی

در دهه های اخیر با توالی یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام... بیشتر
گواهی‌نامه
4.4 (13)
6 دیدگاه
265دانشجو
4ساعت
سرفصل‌ها
مقدماتی سطح دوره

اشتراک مکتب‌پلاس

خرید اشتراک

با خرید اشتراک مکتب‌پلاس، علاوه بر این دوره، به بیش از ۴،۰۰۰ دوره دیگر دسترسی خواهید داشت.

دسترسی به تمام دوره‌هابیش از ۴،۰۰۰ دوره
محتوای دوره
سرفصل‌ها
توضیحات دوره
دیدگاه کاربران
درباره مدرس

آنچه در این دوره می‌آموزید

آشنایی با تکنولوژی RNAseq و تمامی مفاهیم اولیه و کاربردی در این حوزه

انتقال دیتای خام RNAseq از دیتابیس GEO به سرور گلکسی

کنترل کیفیت و حذف خوانش های کم کیفیت

مپینگ خوانش‌ها به ژنوم مرجع

این دوره شامل:

4 ساعت ویدئو

3 جلسه متنی

گواهینامه مکتب‌خونه

دسترسی مادام‌العمر به محتوای دوره

سرفصل‌های دوره

8 فصل32 جلسه4 ساعت ویدیو
مفاهیم کاربردی اولیه
  درباره‌ی دوره
02:18
  هدف ما از آنالیز داده‌های RNAseq
02:16
  مرحله‌ی آماده سازی library
03:24
  تکنولوژی های توالی یابی Single-end و Paired-end
06:45
  مفاهیم Coverage و Sequencing depth
01:54
  مراحل (Pipeline) آنالیز داده‌های RNAseq
13:16
انتقال دیتای خام به سرور Galaxy
  جستجوی دیتاست در دیتابیس GEO
12:41
  انتقال دیتا به سرور Galaxy
07:50
کنترل کیفیت
  کنترل کیفیت
08:49
  تفسیر نتایج کنترل کیفیت (قسمت اول)
10:54
  تفسیر نتایج کنترل کیفیت (قسمت دوم)
07:51
  گردآوری نتایج کنترل کیفیت
04:17
  حذف خوانش های کم کیفیت
06:42
مپینگ
  مپینگ داده ها به ژنوم مرجع
14:39
  آشنایی با فایل BAM و نحوه ی نمایش آن در IGV
12:27
Counting
  آشنایی با مفهوم Strandness
06:24
  روش‌های تشخیص Strandness
10:15
  نحوه‌ی تخصیص خوانش ها به ژن‌ها
09:45
  تغییر فرمت فایل های counts نرم افزار STAR برای استفاده در آنالیز افتراقی بیان ژن
03:35
آنالیز داده های Paired-end
  آنالیز داده های Paired-end (قسمت اول)
10:00
  آنالیز داده های Paired-end (قسمت دوم)
08:10
  آنالیز داده‌های Paired-end (قسمت سوم)
09:16
آنالیز افتراقی بیان ژن
  معرفی انواع روش های نرمالیزیشن داده‌های RNAseq
08:04
  آنالیز افتراقی بیان ژن
05:45
  تفسیر PCA و هیت مپ سمپل‌ها
08:14
  مفاهیم P-value و adj-P-value
09:47
  آشنایی با مفهوم logFC
04:16
  annotation و استخراج DEGها
07:49
Visualization و Functional enrichment analysis
  رسم Heatmap برای سیگنیفیکنت ترین DEGها
11:22
  انجام Gene Ontology enrichment analysis و Pathway enrichment analysis
03:42
  انجام Protein-Protein-interaction enrichment analysis
08:32
  رسم Volcano plot
06:16
  جزوه دوره
00:03
  اسلاید‌های دوره
00:03
  پروژه
00:05

توضیحات دوره

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های آکادمیک و تحقیقاتی در حوزهٔ بیولوژی و تقویت رزومه در راستای آن‌ها، علاوه بر تسلط بر تکنیک‌های آزمایشگاهی و درک مفاهیم بنیادین، مستلزم تسلط بر روش‌های بیوانفورماتیکی که از جملهٔ آن‌ها آنالیز داده‌های RNAseq است، می‌باشد.

 کاربردهای RNAseq

 در حال حاضر آنالیز داده‌های RNA sequencing یکی از کارآمدترین و پرکاربردترین روش‌های مطالعهٔ جامع پدیده‌های زیستی است. این آنالیز امکان مقایسهٔ پروفایل بیان ژنی بین سمپل‌های مختلف زیستی را فراهم می‌کند و به این وسیله محققان حوزهٔ زیست‌شناسی را به یافتن الگوهای تغییر بیان ژن‌ها و مسیرهای درون‌سلولی در اثر تغییر شرایط محیطی یا بیماری‌ها و در پی آن به درمان بیماری‌ها قادر می‌سازد. همچنین یافتن بیومارکرهای جدید برای بیماری‌ها از دیگر کاربردهای RNAseq می‌باشد.

 مزیت این دوره بر سایر دوره‌های آنالیز داده‌های RNAseq

 آنالیز داده‌های خام RNAseq نیازمند داشتن دسترسی به سیستم‌های محاسباتی قدرتمند (سرور و یا لپ‌تاپ قدرتمند)، کدنویسی با لینوکس ونرم افزار R یا پایتون می‌باشد. اما استفاده از سرور قدرتمند نیازمند پرداخت هزینه است و دسترسی به آن همیشه مقدور نیست و همچنین زیست‌شناسان معمولاً امکان صرف وقت کمتری برای یادگیری کدنویسی دارند؛ بنابراین در این آموزش ما برای این کار از سرور گلکسی استفاده می‌کنیم که به‌صورت free سیستم محاسباتی باقدرت بالا را در اختیار عموم قرار می‌دهد و توسط رابط کاربری که ایجاد می‌کند امکان آنالیز RNAseq بدون کدنویسی را برای زیست‌شناسان فراهم می‌کند.

 مخاطبین این دوره چه کسانی می‌باشند؟

 یادگیری آنالیز RNAseq دری از مطالعات بیان ژن را به روی محققان تمامی گرایش‌های زیست‌شناسی (سلولی و مولکولی، ژنتیک، میکروبیولوژی، ایمنی‌شناسی، بیوشیمی، علوم جانوری و گیاهی، فیزیولوژی، انگل‌شناسی و...) می‌گشاید و آن‌ها را به نوشتن مقالات علمی در این زمینه و تقویت رزومه ی بین‌المللی قادر می‌سازد

دیدگاه کاربران

4.4

بر اساس امتیاز 13 دانشجو

1
2
3
4
5

یونس قاسم پور

6 ماه پیش

5

مدرس تسلط خوبی روی ابزار داشت مفاهیم رو هم تا حد خوبی توضیح دادن ولی خب دوره مقدماتی هست به مفاهیم پیچیده تر و ابزار های تخصصی اشاره نشد.در کل دوره خوبی بود. دم مکتبخونه گرم

دانشجوی دوره

6 ماه پیش

5

سلام و احترام بسیار دوره ارزشمندی بود واقعا به طور کامل و جامع به همه ی ابعاد سرور بیوانفورماتیکی گلکسی بصورت مرحله به مرحله پرداخته شده بود سپاس از مدرس بزرگوار

دانشجوی دوره

6 ماه پیش

5

با سلام و احترام، بنده این دوره را خریداری کردم. محتوای دوره جامع و عالی با زبان شیوا و روان سرکار خانم مؤمن کاملا قابل فهم بود. به افرادی که در حوزه بیوانفورماتیک و داده های بیان کار می کنند توصیه میکنم که دوره را تهیه کنند تا در کمترین زمان بهترین نتیجه را بگیرند. موفق و مانا باشید.

دانشجوی دوره

1 سال پیش

5

بسیار عالی

دانشجوی دوره

2 سال پیش

5

با سلام و وقت بخیر من این دوره رو خریداری کردم بسیار شیوا و روان آموزش داده شده و راضی بودم و پیشنهادمیکنم به دوستان که زبان R یاد ندارن این آموزش خیلی کمک میکنه به فهم مفاهیم کلی RNAseq و انجام آنالیز با سرور گلکسی متشکرم

سعیده صالحی

2 سال پیش

5

با سلام بنده این دوره ارزشمند رو خریداری کردم، بسیار ممنون از مدرس که به صورت کاملا جزئی، دقیق، گام به گام و علمی همه نکات لازم رو طی آموزش بیان کردند. امیدوارم به زودی شاهد آموزش های دیگری از این قبیل از مدرس محترم باشیم. خدمت دوستانی که با دیتاهای حجیم و خام NGS کار میکنند مشاهد دوره رو موکدا توصیه میکنم. با تشکر مجدد از مدرس محترم و مکتب خونه 🌹🌹

گواهینامه اختصاصی دو زبانه

پس از گذراندن دوره به صورت آنلاین در سایت مکتب‌خونه، گواهی‌نامه رسمی پایان دوره به زبان فارسی و انگلیسی، توسط مکتب‌خونه به اسم شما صادر شده و در اختیار شما قرار می‌گیرد.

امکان اشتراک گذاری در لینکدین
دو زبانه
1دوره
265دانشجو
13نظر و امتیاز

مریم السادات مؤمنی فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی میکروبی از دانشگاه اصفهان است و ایشان هشت سال سابقهٔ فعالیت تحقیقاتی در زمینه‌ بیوانفورماتیک دارند. وی تجربه کارآموزی‌های بیوانفورماتیک شرکت STEM-Away کالیفرنیا در شاخهٔ آنالیز ترنسکریپتوم و رهبری یک پروژهٔ بیوانفورماتیکی در این شرکت و همکاری در پروژه‌های بیوانفورماتیکی مراکز تحقیقاتی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان را دارد.

مهارت‌هایی که می‌آموزید

دوره‌های مشابه

سوالات پرتکرار

آیا بعد از پایان مدت دوره همچنان به محتوای آن دسترسی دارم؟

بله. پس از پایان مدت دوره نیز به ویدئوها، تمرین‌ها، پروژه‌ها و سایر محتوای آموزشی دوره دسترسی خواهید داشت؛ اما امکان تصحیح تمرین‌ها توسط پشتیبان دوره و دریافت گواهی‌نامه برای شما وجود نخواهد داشت.