آموزش آنالیز RNAseq با سرور Galaxy

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های ...

4.1 (7 امتیاز)
159 دانشجو
مقدماتی
محتوای دوره
درباره دوره
نظرات کاربران
درباره استاد

آنچه در این دوره می‌آموزید

آشنایی با تکنولوژی RNAseq و تمامی مفاهیم اولیه و کاربردی در این حوزه

انتقال دیتای خام RNAseq از دیتابیس GEO به سرور گلکسی

کنترل کیفیت و حذف خوانش های کم کیفیت

مپینگ خوانش‌ها به ژنوم مرجع

ایجاد فایل Counts

آنالیز افتراقی بیان ژن

محتوای دوره

8 فصل 32 جلسه 4 ساعت ویدیو
مفاهیم کاربردی اولیه
انتقال دیتای خام به سرور Galaxy
کنترل کیفیت
مپینگ
Counting
آنالیز داده های Paired-end
آنالیز افتراقی بیان ژن
Visualization و Functional enrichment analysis

درباره دوره

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های آکادمیک و تحقیقاتی در حوزهٔ بیولوژی و تقویت رزومه در راستای آن‌ها، علاوه بر تسلط بر تکنیک‌های آزمایشگاهی و درک مفاهیم بنیادین، مستلزم تسلط بر روش‌های بیوانفورماتیکی که از جملهٔ آن‌ها آنالیز داده‌های RNAseq است، می‌باشد.

 کاربردهای RNAseq

 در حال حاضر آنالیز داده‌های RNA sequencing یکی از کارآمدترین و پرکاربردترین روش‌های مطالعهٔ جامع پدیده‌های زیستی است. این آنالیز امکان مقایسهٔ پروفایل بیان ژنی بین سمپل‌های مختلف زیستی را فراهم می‌کند و به این وسیله محققان حوزهٔ زیست‌شناسی را به یافتن الگوهای تغییر بیان ژن‌ها و مسیرهای درون‌سلولی در اثر تغییر شرایط محیطی یا بیماری‌ها و در پی آن به درمان بیماری‌ها قادر می‌سازد. همچنین یافتن بیومارکرهای جدید برای بیماری‌ها از دیگر کاربردهای RNAseq می‌باشد.

 مزیت این دوره بر سایر دوره‌های آنالیز داده‌های RNAseq

 آنالیز داده‌های خام RNAseq نیازمند داشتن دسترسی به سیستم‌های محاسباتی قدرتمند (سرور و یا لپ‌تاپ قدرتمند)، کدنویسی با لینوکس ونرم افزار R یا پایتون می‌باشد. اما استفاده از سرور قدرتمند نیازمند پرداخت هزینه است و دسترسی به آن همیشه مقدور نیست و همچنین زیست‌شناسان معمولاً امکان صرف وقت کمتری برای یادگیری کدنویسی دارند؛ بنابراین در این آموزش ما برای این کار از سرور گلکسی استفاده می‌کنیم که به‌صورت free سیستم محاسباتی باقدرت بالا را در اختیار عموم قرار می‌دهد و توسط رابط کاربری که ایجاد می‌کند امکان آنالیز RNAseq بدون کدنویسی را برای زیست‌شناسان فراهم می‌کند.

 مخاطبین این دوره چه کسانی می‌باشند؟

 یادگیری آنالیز RNAseq دری از مطالعات بیان ژن را به روی محققان تمامی گرایش‌های زیست‌شناسی (سلولی و مولکولی، ژنتیک، میکروبیولوژی، ایمنی‌شناسی، بیوشیمی، علوم جانوری و گیاهی، فیزیولوژی، انگل‌شناسی و...) می‌گشاید و آن‌ها را به نوشتن مقالات علمی در این زمینه و تقویت رزومه ی بین‌المللی قادر می‌سازد

اطلاعات بیشتر

امتیاز و نظرات کاربران

4.1

از مجموع 7 امتیاز

2 نظر

6 ماه پیش

با سلام و وقت بخیر من این دوره رو خریداری کردم بسیار شیوا و روان آموزش داده شده و راضی بودم و پیشنهادمیکنم به دوستان که زبان R یاد ندارن این آموزش خیلی کمک میکنه به فهم مفاهیم کلی RNAseq و انجام آنالیز با سرور گلکسی متشکرم

دانشجوی دوره

11 ماه پیش

با سلام بنده این دوره ارزشمند رو خریداری کردم، بسیار ممنون از مدرس که به صورت کاملا جزئی، دقیق، گام به گام و علمی همه نکات لازم رو طی آموزش بیان کردند. امیدوارم به زودی شاهد آموزش های دیگری از این قبیل از مدرس محترم باشیم. خدمت دوستانی که با دیتاهای حجیم و خام NGS کار میکنند مشاهد دوره رو موکدا توصیه میکنم. با تشکر مجدد از مدرس محترم و مکتب خونه 🌹🌹

سعیده صالحی

سعیده صالحی

دوره‌های پیشنهادی

درباره استاد

مریم السادات مومنی
مریم السادات مومنی
1 دوره
159 دانشجو

مریم السادات مؤمنی فارغ‌التحصیل کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی میکروبی از دانشگاه اصفهان است و ایشان هشت سال سابقهٔ فعالیت تحقیقاتی در زمینه‌ بیوانفورماتیک دارند. وی تجربه کارآموزی‌های بیوانفورماتیک شرکت STEM-Away کالیفرنیا در شاخهٔ آنالیز ترنسکریپتوم و رهبری یک پروژهٔ بیوانفورماتیکی در این شرکت و همکاری در پروژه‌های بیوانفورماتیکی مراکز تحقیقاتی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان را دارد.

اطلاعات بیشتر

سوالات پرتکرار

پس از سپری شدن زمان دوره، به محتوای دوره دسترسی خواهم داشت؟

بله؛ پس از سپری شدن مدت زمان دوره شما به محتوای دوره دسترسی خواهید داشت و می توانید از ویدئوها، تمارین، پروژه و دیگر محتوای دوره در صورت وجود استفاده کنید ولی امکان تصحیح تمارین توسط پشتیبان و دریافت گواهی نامه برای شما وجود نخواهد داشت.