الگوریتم های بیوانفورماتیک

poster
پیش‌نمایش دوره

درس الگوریتم‌های بیوانفورماتیک در نیم سال اول سال تحصیلی 99-98 ضبط شده است. تا قبل از این، سه درس در زمینه‌ی مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک ضبط و در سایت مکتب‌خونه به اشتراک گذاشته شده ... ادامه

4.8 (4 رای)
سطح: مقدماتی
 رایگان
  
زمان مورد نیاز برای گذراندن دوره:  24 جلسه
مجموع محتوای آموزشی:  31 ساعت ویدئو
 (قابل دانلود می‌باشد)

سرفصل‌های دوره الگوریتم های بیوانفورماتیک

الگوریتم‌های بیوانفورماتیک

        

  جلسه اول: الگوریتم شار بیشینه و کاربرد آن در RNAseq Isoform Quantification
مشاهده
"66:55  
  جلسه دوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) - بخش اول
مشاهده
"71:57  
  جلسه سوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) - بخش دوم
مشاهده
"72:41  
  جلسه چهارم: تطابق دو بخشی (Maximum Bipartite Matching)
مشاهده
"76:07  
  جلسه پنجم: اسمبل کردن ژنوم (De Novo Genome Assembly)
مشاهده
"87:33  
  جلسه ششم: بلوم فیلتر (Bloom Filter)
مشاهده
"81:39  
  جلسه هفتم: درخت پسوندی، ترای پسوندی (Trie, Suffix Trie & Suffix Tree)
مشاهده
"82:05  
  جلسه هشتم: کاربردها و نحوه‌ی ساختن درخت پسوندی (Suffix tree applications and creation)
مشاهده
"90:33  
  جلسه نهم: برنامه‌نویسی خطی (Linear Programming) - بخش اول
مشاهده
"77:42  
  جلسه دهم: برنامه‌نویسی خطی (Linear Programming) - بخش دوم
مشاهده
"66:38  
  جلسه یازدهم: آنالیز شبکه متابولیک
مشاهده
"83:37  
  جلسه دوازدهم: الگوریتم‌های تقریبی (Approximation) - بخش اول
مشاهده
"72:16  
  جلسه سیزدهم: الگوریتم‌های تقریبی (Approximation) - بخش دوم
مشاهده
"76:05  
  جلسه چهاردهم: تطابق چند رشته (Multiple Sequence Alignment)
مشاهده
"85:33  
  جلسه پانزدهم: الگوریتم‌های همسایگی تقریبی (Approximate Nearest Neighbors & MinHash)
مشاهده
"70:26  
  جلسه شانزدهم: پیاده‌سازی و بکارگیری MinHash
مشاهده
"77:04  
  جلسه هفدهم: متاژنومیکس و مینی‌مایزرها (Metagenomics & Minimizers)
مشاهده
"88:13  
  جلسه هجدهم: ادامه‌ ی Minimizers و الگوریتم Kraken
مشاهده
"93:02  
  جلسه نوزدهم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) - بخش اول
مشاهده
"84:47  
  جلسه بیستم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) - بخش دوم
مشاهده
"76:29  
  جلسه بیست و یکم: ژنومیک مقایسه‌ای (Comparative Genomics)
مشاهده
"104:27  
  جلسه بیست و دوم: الگوریتم Kallisto برای تحلیل RNA-Seq و روش Bootstrapping
مشاهده
"78:06  
  جلسه بیست و سوم: تحلیل داده‌های پروتئومیک
مشاهده
"71:24  
  جلسه بیست و چهارم: تحلیل داده‌های پروتئومیک: Non-ribosomal peptides, Dereplicator
مشاهده
"27:57  

درباره دوره

درس الگوریتم‌های بیوانفورماتیک در نیم سال اول سال تحصیلی 99-98 ضبط شده است.

تا قبل از این، سه درس در زمینه‌ی مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک ضبط و در سایت مکتب‌خونه به اشتراک گذاشته شده بود: 

  1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک، با هدف آشنایی اولیه‌ی دانشجویان رشته‌های زیست‌پزشکی با مباحث مقدماتی بیوانفورماتیک
  2. بیوانفورماتیک پیشرفته، با هدف آشنایی همه‌ی دانشجویان شامل رشته‌های مهندسی کامپیوتر، ریاضیات، آمار، سایر رشته‌های مهندسی و زیست‌پزشکی با مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک از جمله تحلیل داده‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید
  3. بیوانفوماتیک پیشرفته دو که در آن موضوعاتی نظیر تحلیل داده‌های اپی‌ژنتیک، یافتن جهش‌ها و سایر تغییرات ژنتیکی و سرطان مورد بررسی قرار گرفته بود.

درس الگوریتم‌های بیوانفورماتیک رویکردی عمیق به مباحث الگوریتمی و نظری بیوانفورماتیک دارد. این درس که در دوره‌ی کارشناسی ارشد بیوانفورماتیک دانشگاه صنعتی شریف ارائه گردیده است به شما می‌آموزد که چطور با مساله‌های چالش‌برانگیز تحلیل ژنوم، ترانسکریپتوم و پروتئوم روبرو شوید، چطور آن‌ها را به زبان علوم رایانه درآورید و سپس با طراحی الگوریتم‌های خلاقانه، آن را حل کنید.

 

*****اسلایدهای درس را از اینجا دانلود کنید.*****

 

با سپاس فراوان از دکتر شریفی زارچی که با وجود مشکل قلبی پیش آمده برای ایشان و بستری شدن در بیمارستان، متعهدانه و به بهترین شکل این درس را به پایان رساندند.

درباره استاد

maktabkhooneh-teacher سمیه کوهی

دکتر "سمیه کوهی" عضو هیات علمی و استاد جوان دانشکده مهندسی کامپیوتر است. در سال 79 با رتبه 18 در رشته مهندسی برق دانشگاه شریف پذيرفته شد. در سال 82 و همزمان با تحصیل در رشته‌ مهندسی برق، تحصيل در رشته مهندسی کامپیوتر همین دانشگاه را آغاز نمود. دو سال بعد، از این دو رشته فارغ التحصیل شد. همان سال از دو دانشکده در مقطع کارشناسی ارشد بدون کنکور پذیرش گرفت و با توجه به محدودیت مقررات برای انتخاب یک رشته، مهندسی کامپیوتر را برای ادامه تحصيل در مقطع کارشناسی ارشد انتخاب کرد. در سال 86 موفق به اخذ کارشناسی ارشد در رشته مهندسی کامپیوتر شد و بلافاصله در مقطع دکتری دانشکده مهندسی کامپیوتر شریف پذیرفته شد. در سال 91 در مقطع دکتری فارغ التحصیل شد و از بهمن ماه سال91 به عنوان عضو هیأت علمی دانشگاه شروع بکار کرد.

مشاهده پروفایل و دوره‌‌های استاد
maktabkhooneh-teacher علی شریفی زارچی

علی شریفی زارچی دانش‌آموخته کارشناسی و کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر از دانشگاه صنعتی شریف و دکتری بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران است.

وی دوره‌های پژوهشی و پسادکتری را در Max Planck Institute آلمان و Colorado State University آمریکا پشت سر گذاشته‌است.

او از سال ۱۳۹۰ تاکنون به عنوان پژوهشگر بیوانفورماتیک در پژوهشگاه رویان‌ و هم‌چنین از سال ۱۳۹۵ به عنوان عضو هیأت علمی دانشکده‌ی مهندسی کامپیوتر دانشگاه صنعتی شریف مشغول به کار است.

زمینه‌های تحقیقاتی مورد علاقه ایشان به کارگیری الگوریتم و هوش مصنوعی در بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیست‌پزشکی است.

مشاهده پروفایل و دوره‌‌های استاد

نظرات کاربران

تا کنون نظری برای این دوره ثبت نشده است. برای ثبت نظر باید ابتدا در دوره ثبت نام کرده و دانشجوی دوره باشید.
محمدامین سلطانیان 1401-04-26
عالی بی نظیر مثل همیشه ممنون
فاطمه بلوری 1398-12-26
واقعا ممنون . خیلی موضوع جذابیه.خیلی اشتیاق داشتم چنین دوره ای ببینم

دوره‌های پیشنهادی

سوالات پرتکرار

آیا ممکن است که درسی ناقص ضبط شده باشد؟
ما همواره تلاش کرده­‌ایم که دروس را به طور کامل ضبط نماییم و در اختیار شما دوستان قرار دهیم. اما گاهی برخی ناهماهنگی ها سبب می شود که یک یا تعدادی از جلسات یک درس ضبط نشود. توضیح این گونه نواقص در توضیح درس­ ها آمده است.

سوالات پرتکرار

اگر لینک دانلود یا پخش ویدئو مشکل داشت چه باید کرد؟
در صورتی که با هر گونه مشکلی رو به رو شدید می توانید از طریق صفحه ارتباط با ما به ما اطلاع دهید تا ما سریعا مشکل را پیگیری و برطرف نماییم.

سوالات پرتکرار

آیا امکان دریافت فیلم های یک درس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود دارد؟
در حال حاضر امکان ارسال دروس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود ندارد.
صفحات پربازدید
poster
پیش‌نمایش دوره
  
برگزار کننده:  دانشگاه صنعتی شریف
  
زمان مورد نیاز برای گذراندن دوره:  24 جلسه
مجموع محتوای آموزشی:  31 ساعت ویدئو
 (قابل دانلود می‌باشد)