00:00 / 00:00
1.8x
1.4x
1.0x
0.7x
HD SD
HD
SD
00:00 / 00:00
1.8x
1.4x
1.0x
0.7x
HD SD
HD
SD

الگوریتم های بیوانفورماتیک

دوره‌های رایگان دانشگاهی
24 جلسه

سرفصل‌ها

درس الگوریتم‌های بیوانفورماتیک در نیم سال اول سال تحصیلی 99-98 ضبط شده است.

تا قبل از این، سه درس در زمینه‌ی مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک ضبط و در سایت مکتب‌خونه به اشتراک گذاشته شده بود: 

  1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک، با هدف آشنایی اولیه‌ی دانشجویان رشته‌های زیست‌پزشکی با مباحث مقدماتی بیوانفورماتیک
  2. بیوانفورماتیک پیشرفته، با هدف آشنایی همه‌ی دانشجویان شامل رشته‌های مهندسی کامپیوتر، ریاضیات، آمار، سایر رشته‌های مهندسی و زیست‌پزشکی با مباحث عملی و کاربردی بیوانفورماتیک از جمله تحلیل داده‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید
  3. بیوانفوماتیک پیشرفته دو که در آن موضوعاتی نظیر تحلیل داده‌های اپی‌ژنتیک، یافتن جهش‌ها و سایر تغییرات ژنتیکی و سرطان مورد بررسی قرار گرفته بود.

درس الگوریتم‌های بیوانفورماتیک رویکردی عمیق به مباحث الگوریتمی و نظری بیوانفورماتیک دارد. این درس که در دوره‌ی کارشناسی ارشد بیوانفورماتیک دانشگاه صنعتی شریف ارائه گردیده است به شما می‌آموزد که چطور با مساله‌های چالش‌برانگیز تحلیل ژنوم، ترانسکریپتوم و پروتئوم روبرو شوید، چطور آن‌ها را به زبان علوم رایانه درآورید و سپس با طراحی الگوریتم‌های خلاقانه، آن را حل کنید.

 

*****اسلایدهای درس را از اینجا دانلود کنید.*****

 

با سپاس فراوان از دکتر شریفی زارچی که با وجود مشکل قلبی پیش آمده برای ایشان و بستری شدن در بیمارستان، متعهدانه و به بهترین شکل این درس را به پایان رساندند.

مدرسان دوره
علی شریفی زارچی

علی شریفی زارچی دانش‌آموخته کارشناسی و کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر از دانشگاه صنعتی شریف و دکتری بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران است.

وی دوره‌های پژوهشی و پسادکتری را در Max Planck Institute آلمان و Colorado State University آمریکا پشت سر گذاشته‌است.

او از سال ۱۳۹۰ تاکنون به عنوان پژوهشگر بیوانفورماتیک در پژوهشگاه رویان‌ و هم‌چنین از سال ۱۳۹۵ به عنوان عضو هیأت علمی دانشکده‌ی مهندسی کامپیوتر دانشگاه صنعتی شریف مشغول به کار است.

زمینه‌های تحقیقاتی مورد علاقه ایشان به کارگیری الگوریتم و هوش مصنوعی در بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیست‌پزشکی است.

اطلاعات بیشتر
سمیه کوهی

دکتر "سمیه کوهی" عضو هیات علمی و استاد جوان دانشکده مهندسی کامپیوتر است. در سال 79 با رتبه 18 در رشته مهندسی برق دانشگاه شریف پذيرفته شد. در سال 82 و همزمان با تحصیل در رشته‌ مهندسی برق، تحصيل در رشته مهندسی کامپیوتر همین دانشگاه را آغاز نمود. دو سال بعد، از این دو رشته فارغ التحصیل شد. همان سال از دو دانشکده در مقطع کارشناسی ارشد بدون کنکور پذیرش گرفت و با توجه به محدودیت مقررات برای انتخاب یک رشته، مهندسی کامپیوتر را برای ادامه تحصيل در مقطع کارشناسی ارشد انتخاب کرد. در سال 86 موفق به اخذ کارشناسی ارشد در رشته مهندسی کامپیوتر شد و بلافاصله در مقطع دکتری دانشکده مهندسی کامپیوتر شریف پذیرفته شد. در سال 91 در مقطع دکتری فارغ التحصیل شد و از بهمن ماه سال91 به عنوان عضو هیأت علمی دانشگاه شروع بکار کرد.

اطلاعات بیشتر

سوالات پرتکرار

آیا امکان دریافت فیلم های یک درس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود دارد؟
در حال حاضر امکان ارسال دروس به صورت سی دی یا دی وی دی وجود ندارد.
اگر لینک دانلود یا پخش ویدئو مشکل داشت چه باید کرد؟
در صورتی که با هر گونه مشکلی رو به رو شدید می توانید از طریق صفحه ارتباط با ما به ما اطلاع دهید تا ما سریعا مشکل را پیگیری و برطرف نماییم.
آیا درسی وجود دارد که ضبط شده اما روی سایت قرار نگرفته باشد؟
تمام دروس بعد از ضبط و آماده شدن بر روی سایت قرار می گیرند.
اگر بخواهیم درسی برای مکتب خونه ارسال کنیم چه روندی باید طی کنیم؟
اگر خودتان درسی تهیه کرده اید به صفحه همکاری با ما بروید تا آن را بررسی کنیم و بهتون اطلاع دهیم.
آیا ممکن است که درسی ناقص ضبط شده باشد؟
ما همواره تلاش کرده­‌ایم که دروس را به طور کامل ضبط نماییم و در اختیار شما دوستان قرار دهیم. اما گاهی برخی ناهماهنگی ها سبب می شود که یک یا تعدادی از جلسات یک درس ضبط نشود. توضیح این گونه نواقص در توضیح درس­ ها آمده است.

×

ثبت نظر

به این دوره از ۱ تا ۵ چه امتیازی می‌دهید؟

الگوریتم‌های بیوانفورماتیک
31:03 ساعت
31:03
Combined Shape Created with Sketch. 24 جلسه

        

جلسه اول: الگوریتم شار بیشینه و کاربرد آن در RNAseq Isoform Quantification
"66:55
جلسه دوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) - بخش اول
"71:57
جلسه سوم: مسأله شار بیشینه (Maximum Network Flow Problem) - بخش دوم
"72:41
جلسه چهارم: تطابق دو بخشی (Maximum Bipartite Matching)
"76:07
جلسه پنجم: اسمبل کردن ژنوم (De Novo Genome Assembly)
"87:33
جلسه ششم: بلوم فیلتر (Bloom Filter)
"81:39
جلسه هفتم: درخت پسوندی، ترای پسوندی (Trie, Suffix Trie & Suffix Tree)
"82:05
جلسه هشتم: کاربردها و نحوه‌ی ساختن درخت پسوندی (Suffix tree applications and creation)
"90:33
جلسه نهم: برنامه‌نویسی خطی (Linear Programming) - بخش اول
"77:42
جلسه دهم: برنامه‌نویسی خطی (Linear Programming) - بخش دوم
"66:38
جلسه یازدهم: آنالیز شبکه متابولیک
"83:37
جلسه دوازدهم: الگوریتم‌های تقریبی (Approximation) - بخش اول
"72:16
جلسه سیزدهم: الگوریتم‌های تقریبی (Approximation) - بخش دوم
"76:05
جلسه چهاردهم: تطابق چند رشته (Multiple Sequence Alignment)
"85:33
جلسه پانزدهم: الگوریتم‌های همسایگی تقریبی (Approximate Nearest Neighbors & MinHash)
"70:26
جلسه شانزدهم: پیاده‌سازی و بکارگیری MinHash
"77:04
جلسه هفدهم: متاژنومیکس و مینی‌مایزرها (Metagenomics & Minimizers)
"88:13
جلسه هجدهم: ادامه‌ ی Minimizers و الگوریتم Kraken
"93:02
جلسه نوزدهم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) - بخش اول
"84:47
جلسه بیستم: تطابق ژنوم (Genome Alignment) - بخش دوم
"76:29
جلسه بیست و یکم: ژنومیک مقایسه‌ای (Comparative Genomics)
"104:27
جلسه بیست و دوم: الگوریتم Kallisto برای تحلیل RNA-Seq و روش Bootstrapping
"78:06
جلسه بیست و سوم: تحلیل داده‌های پروتئومیک
"71:24
جلسه بیست و چهارم: تحلیل داده‌های پروتئومیک: Non-ribosomal peptides, Dereplicator
"27:57